این دانشگاه در سال ۱۳۶۲ فعالیت خود را تحت نام آموزشکده فنی وابسته به دانشگاه شیراز با پذیرش دانشجو در دو رشته عمران روستایی و مکانیک (گرایش جوشکاری) در مقطع کاردانی آغاز کرد.
تا سال ۱۳۷۱ سالانه ۱۰۰ نفر دانشجو در این آموزشکده پذیرش میشدند که مجموع آمار دانشجویان هر سال تحصیلی حدود ۲۵۰ نفر بودهاست و هر سال حدود ۷۰ نفر فارغالتحصیل داشتهاست که مجموعاً تا سال ۱۳۷۱ حدود ۶۰۰ نفر فارغالتحصیل گردیدهاند. از سال ۱۳۷۲ این آموزشکده با اضافه شدن آموزشکده کشاورزی تبدیل به مجتمع آموزش عالی یاسوج وابسته به دانشگاه شیراز گردید و در سال ۱۳۷۳ در رشتههای کاردانی مکانیک گرایش تأسیسات آبرسانی و گاز رسانی و عمران گرایش زیرسازی راه پذیرش دانشجو صورت گرفت.
پس از آن در سال ۱۳۷۴ تبدیل وضعیت این مجتمع به دانشگاه در شورای گسترش آموزش عالی مورد موافقت اصولی قرار گرفت و سرانجام در سال ۱۳۷۵ این مجتمع فعالیت خود را بهطور مستقل از دانشگاه شیراز ادامه داد. سپس به منظور رشد، تعالی و توسعه آموزش عالی در منطقه واستان تلاشهای فراوانی صورت گرفت تا اینکه در تاریخ ۱ خرداد ۱۳۷۸ تبدیل وضعیت قطعی مجتمع آموزش عالی به تصویب رسید و سرانجام در خردادماه ۱۳۷۹ به وسیلهٔ وزیر وقت علوم، تحقیقات و فناوری رسماً به دانشگاه یاسوج ارتقا یافت.
پس از تبدیل وضعیت، دانشگاه یاسوج با سه دانشکده علوم پایه، فنی و مهندسی، و کشاورزی، چند گروه آموزشی و یک واحد دبیرستان و مرکز پیش دانشگاهی وابسته به دانشگاه به فعالیت علمی، تحقیقاتی و آموزشی خود ادامه داد و هماکنون این دانشگاه با شش دانشکده (فنی و مهندسی-علوم انسانی-کشاورزی-علوم پایه-صنعت نفت گچساران-صنعت و معدن چرام) و سه پژوهشکده منابع طبیعی و محیط زیست - گیاهان دارویی و اسانس دار و مطالعات اجتماعی و زبان شناختی بومی و یک دبیرستان و مرکز پیش دانشگاهی وابسته به دانشگاه، ۲۲ گروه آموزشی (۵۰ کدرشته تحصیلی در مقاطع کاردانی و کارشناسی در سه دوره روزانه، نوبت دوم و نیمه حضوری و ۱۲۰کدرشته کارشناسی ارشد و ۴۰کدرشته دکتری با تعداد بالغ بر ۶۰۰۰ دانشجو در راستای اهداف برنامهریزی شده به فعالیت خود ادامه میدهد.
در سال ۱۳۹۰ رشتهٔ ریزکرمشناسی یا نمادشناسی در مقطع کارشناسی ارشد برای نخستین بار در ایران و خاورمیانه توسط استاد گروه گیاه پزشکی در دانشگاه یاسوج راه اندازی گردید و نخستین دانشآموخته این رشته در سال ۱۳۹۲ فارغالتحصیل شد.